제척기간 직전에 고지한 대표이사 급여 법인세, 과세전적부심사 기회를 막아 취소된 사례

이런 처분을 받았습니다

B법인은 부품을 만들어 파는 제조회사입니다. 대표이사는 2012년부터 회사를 맡아 왔고, 회사 지분 100%를 갖고 있어요.

이 회사는 2019년에도 세무조사를 받았습니다. 그때 세무서는 대표이사 급여를 이익처분에 의한 상여(회사 이익을 나눠 준 것이라 비용으로 인정되지 않는 돈)로 보고, 2014~2018사업연도 법인세를 매겼어요. B법인은 다퉜지만 1심(2023.11.23.), 항소심(2024.11.28.), 상고심(2025.4.3.)에서 모두 졌습니다.

이번 조사는 2025년 1월 7일에 시작됐습니다. 처음 대상은 2021~2023사업연도였는데, 2월에 대표이사 급여 항목만 2019~2020사업연도로 넓혔어요. 2019사업연도 법인세는 부과제척기간(세무서가 세금을 매길 수 있는 기한)이 2025년 3월 31일에 끝나게 되어 있었습니다. 세무서는 세무조사 결과를 통지하고 5일 뒤인 3월 11일, 대표이사 보수 중 적정하다고 본 금액을 넘는 부분을 비용으로 인정하지 않고 2019사업연도 법인세를 고지했습니다.

세무서는 이렇게 봤습니다

과세예고통지를 한 날부터 제척기간 만료일까지 3개월이 안 남으면 과세전적부심사(세금을 매기기 전에 그 내용이 맞는지 따져 달라고 하는 절차)를 거치지 않아도 된다고 법에 적혀 있다는 게 세무서 입장이었어요. 회사 부담을 줄이려고 처음에는 최근 3개 사업연도만 조사했고, 조사하다가 이사회 의사록보다 급여가 더 나간 사실을 찾아서 기간을 넓혔다고 했습니다.

원래 2024년 12월 4일에 조사를 시작하려 했는데 비상계엄 선포 여파로 미뤄졌다는 사정도 들었어요. 같은 쟁점으로 이미 법원에서 이겼으니 적부심을 거쳤어도 결과는 같았을 것이고, 일부러 늦춘 것도 아니라고 주장했습니다.

청구인은 이렇게 맞섰습니다

1. 수시조사 대상으로 뽑을 사유가 없었고, 세무조사 사전통지도 이유 없이 건너뛰었다.
2. 조사범위를 넓힐 요건이 안 되는데 넓혔다.
3. 2019사업연도부터 조사할 수 있었는데 미뤄 두었다가 제척기간 직전에 과세하는 바람에 적부심을 청구할 기회가 없어졌다. 적부심에서 이겼을지와는 상관없이 기회를 빼앗은 것 자체가 위법하다.
4. 2019년 보수는 연봉계약서를 쓰고 주주총회 한도 안에서 준 것이고, 전액 신고했다. 적정 보수를 해외 동종업체 대표의 기본급만으로 계산한 것도 불합리하다.

조세심판원의 판단

조사 선정, 사전통지, 범위 확대는 문제없다고 봤습니다

여기는 정확히 알아 두셔야 해요. 심판원은 청구인의 주장 가운데 앞의 세 가지를 받아들이지 않았습니다. 조사대상 선정 검토표에 정관, 보수규정, 동종업체 비교 같은 근거가 있었거든요. 의사록과 실제 지급액이 달랐던 만큼 미리 알렸다면 서류가 고쳐질 수 있었다고 보고 사전통지 생략도 인정했습니다. 범위 확대도 법이 허용하는 경우라고 봤어요.

3개월 예외도 세무서가 늦어진 이유를 증명해야 쓸 수 있습니다

심판원은 2025년 6월 대법원 판결을 따랐습니다. 세무서가 정당한 이유 없이 처리를 미루다가 제척기간 직전에 통지했다면 3개월 예외를 쓸 수 없다는 내용이에요. 세무서 잘못 없이 부득이하게 기한이 임박해서 "과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다"는 사정이 있어야 하고, 그 사정은 세무서가 증명해야 합니다.

결과를 정한 사실

같은 쟁점의 1심 판결이 이미 2023년 11월에 나왔으니, 세무서는 항소심을 기다리지 않고도 미리 조사해서 적부심 기회를 줄 수 있었다고 봤습니다. 비상계엄 사정도 받아들이지 않았어요. 실제 일정을 보면 착수 한 달 뒤에 범위를 넓히고 다시 한 달 뒤에 고지했으니, 12월에 시작했더라도 적부심 기회를 주기는 어려웠다는 거예요.

결국 2019사업연도 법인세 부과처분은 위법하다는 결정이 나왔습니다(인용). 대표이사 보수가 지나치게 많았는지는 따로 판단하지 않았어요. 이 사건은 급여가 적정했다고 인정받아서가 아니라 절차 문제로 이긴 것입니다. 결정 당시 법 기준의 판단이고, 3개월 예외 조항은 지금 법에도 같은 문구로 남아 있습니다.

우리 사업장에 적용하면

같은 쟁점으로 이미 과세된 적이 있는데 다른 연도를 제척기간 직전에 고지했다면, 세무서가 그동안 무엇을 했는지 날짜를 따져 볼 만합니다. 다만 세무서에 늦어진 정당한 이유가 있으면 결과는 달라질 수 있어요.

그리고 이 회사도 조사 선정과 사전통지 쟁점에서는 졌습니다. 의사록과 실제 급여가 다르면 그게 조사의 빌미가 되거든요.

비슷한 처분을 받았다면

세무조사 결과통지나 과세예고통지를 받았다면, 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 통지에 "제척기간이 3개월 이하라 적부심 대상이 아니다"라고 되어 있어도 그대로 받아들이지 말고, 기한이 왜 임박했는지부터 확인해 보세요. 이미 고지서를 받았다면 받은 날부터 90일 안에 심판청구나 심사청구를 내야 합니다. 이의신청을 먼저 거쳤다면 그 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 내면 돼요. 여기까지는 세무사가 대리할 수 있고, 그 뒤 행정소송은 변호사가 맡습니다.

근거 조문

• 국세기본법 제81조의15(과세전적부심사): 통지를 받고 30일 안에 청구하며, 제척기간이 3개월 이하로 남으면 예외로 한다
• 법인세법 시행령 제43조(상여금 등의 손금불산입): 이익처분으로 준 상여나 급여지급기준을 넘는 임원 상여는 비용으로 인정하지 않는다
• 국세기본법 제68조(청구기간): 심판청구는 처분을 안 날부터 90일 안에 낸다
• 국세기본법 제61조(청구기간): 심사청구 90일, 이의신청을 거친 경우 결정 통지를 받은 날부터 90일

원출처

• 조세심판원 조심 2025서2609: 세무서가 제척기간 직전까지 미룬 정당한 이유를 증명하지 못해, 과세전적부심사 기회 없이 한 법인세 부과처분이 위법하다고 본 사례

오늘의 점검표

• [ ] 받은 통지서마다 받은 날짜를 적어 두었다
• [ ] 통지를 받은 날부터 30일(적부심)과 고지서를 받은 날부터 90일(심판청구)이 언제 끝나는지 달력에 표시했다
• [ ] 같은 쟁점으로 전에 과세되거나 불복한 적이 있는지 확인했다
• [ ] 임원 급여가 그 해 이사회·주총 의사록과 맞는지 확인했다
• [ ] 임원보수 규정과 연봉계약서를 해마다 새로 정리해 보관한다

세무법인대승이 도와드립니다

과세예고통지나 고지서를 받았을 때, 다퉈 볼 만한 사건인지 절차와 내용을 함께 검토해 드립니다. 과세전적부심사, 이의신청, 심판청구를 세무법인대승이 대리하고, 경정청구(이미 낸 세금이 많았다며 고쳐 달라고 하는 신청)로 돌려받을 세금이 있는지도 찾아 드려요. 청구 기한이 30일, 90일로 짧으니 통지서를 받으면 바로 연락 주세요.