법인전환 이월과세 받은 뒤 5년 안에 주식을 팔 때 내야 하는 양도세

이런 고민, 하고 계신가요

경기도 여주에서 물류창고 임대업을 하던 박정우 씨(가명)는 2023년 5월에 창고 건물과 땅을 현물출자(돈 대신 부동산을 내고 주식을 받는 방식)해서 법인을 세웠어요. 그때 양도세는 이월과세를 받아 한 푼도 내지 않았습니다. 그런데 올가을 아는 사장님이 "회사 주식을 통째로 넘기지 않겠냐"고 제안해 왔어요. 박 씨는 이렇게 묻습니다. "법인 주식만 파는 거니까 예전 양도세랑은 상관없겠죠?"

먼저 결론부터

1. 이월과세는 양도세를 없애 준 제도가 아닙니다. 낼 시점을 뒤로 미뤄 둔 거예요.
2. 법인 설립등기일부터 5년 안에 전환하면서 받은 주식의 50% 이상을 처분하면, 미뤄 둔 세금을 개인이 직접 내야 합니다.
3. 5년이 지난 뒤에도 법인이 그 부동산을 팔면 미뤄 둔 세금을 법인이 법인세로 냅니다. 회사를 사는 쪽도 이 부분을 꼭 확인해야 해요.

하나씩 따져 보기

이월과세는 '외상 장부'에 가깝습니다

개인이 부동산을 법인에 넘기면 원래 그 시점에 양도세가 나와요. 이월과세(양도세를 지금 걷지 않고 나중으로 넘기는 특례)를 받으면 그 세금이 장부에 적힌 채로 넘어갑니다. 나중에 법인이 그 자산을 팔 때 "개인이 그해에 다른 양도 자산 없이 이것만 팔았다면 냈을 양도세"만큼을 법인세로 내게 되거든요.

다만 아무 자산에나 되는 건 아닙니다. 주택이나 주택을 취득할 수 있는 권리는 제외되고, 소비성서비스업 법인으로 전환하는 경우도 안 됩니다. 새 법인의 자본금도 시행령에서 정한 금액 이상이어야 하니 전환 전에 요건을 확인해 보세요.

5년 안에는 개인이 책임을 집니다

설립등기일부터 5년 안에 아래 일이 생기면 미뤄 둔 세금은 법인이 아니라 박 씨 본인에게 돌아와요.

• 법인이 넘겨받은 사업을 폐지하는 경우. 승계받은 사업용 자산을 상당 부분 처분하거나 사업에 쓰지 않아도 폐지로 보니, 시행령의 판단 기준을 확인해야 합니다.
• 박 씨가 전환할 때 받은 주식의 50% 이상을 처분하는 경우.

여기서 처분에는 파는 것만 들어가지 않아요. 자녀에게 증여하는 것(무상이전), 유상감자도 포함됩니다. 반대로 사망·파산, 법원 허가를 받은 회생절차, 일정 요건을 갖춘 합병·분할처럼 부득이한 경우에는 예외가 있어요.

과세관청이 보는 몇 가지 기준

부동산을 둘이 공동으로 출자했다면 50%를 넘겼는지는 각자 따로 따져요. 법인이 제3자에게 새 주식을 발행해서 박 씨 지분율이 떨어졌더라도, 과세관청은 그것을 처분으로 보지 않습니다. 이월과세 받은 건물을 헐고 새로 짓는 경우에는 상황에 따라 철거 시점에 건물분 세금을 내야 한다고 본 해석이 있으니 공사 전에 꼭 확인하세요.

숫자로 보기

박 씨가 전환할 때 받은 주식은 20,000주이고, 전환 당시 계산해 둔 이월과세액은 1억 8,000만 원(가정)이라고 해 볼게요. 박 씨는 작년에 딸에게 4,000주를 증여했고, 이번에 6,000주를 팔려고 합니다.

합계가 딱 50%라서 사후관리 위반에 해당해요. 증여분까지 더해서 계산한다는 점을 놓치면 안 됩니다.

납부기한은 사유가 생긴 날이 속한 달의 말일부터 2개월 안이에요. 11월 12일에 팔면 11월 30일부터 2개월, 즉 2027년 1월 말까지입니다. 이번에 판 주식에 대한 양도세는 이와 별도로 따로 계산해야 해요.

놓치기 쉬운 함정

1. 5년만 지나면 끝이라는 착각. 5년이 지나면 개인 쪽 부담은 없어지지만, 법인이 그 부동산을 파는 날 법인세로 내야 할 몫은 기한 없이 남아 있어요.
2. 회사를 인수하는 쪽의 계산 누락. 장부에 이 금액이 적혀 있지 않은 경우가 많아요. 인수한 법인이 나중에 땅을 팔면 생각지 못한 세금이 나올 수 있으니 주식값을 정할 때 반영해야 합니다.
3. 주식 평가 때 부채로 넣을지. 5년 안에는 이월과세액을 부채로 보지 않는다고 법원이 판단한 적이 있고, 5년이 지난 뒤에는 과세관청이 부채로 더해 주는 쪽으로 봅니다. 시점에 따라 결과가 다르니 증여·매매 전에 확인하세요.
4. 명의만 돌려놓는 방법은 금물. 실제로는 넘기면서 계약서를 따로 쓰거나 차명으로 지분을 맡기면 가장거래로 보여 가산세까지 붙을 수 있어요. 하지 마세요.

근거 조문

• 조세특례제한법 제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세): 현물출자 등으로 법인전환하면 이월과세, 5년 안에 사업 폐지나 주식 50% 이상 처분 시 개인이 2개월 안에 납부
• 소득세법 제104조(양도소득세의 세율): 이월과세액을 계산하는 양도소득 산출세액의 기준
• 조세특례제한법 제38조(주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 과세특례): 이 방법으로 주식을 넘기면 처분 예외 사유가 됨
• 조세특례제한법 제38조의2(주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례): 지주회사 현물출자도 예외 사유가 됨

오늘의 점검표

• [ ] 법인 설립등기일을 확인하고 5년이 끝나는 날을 달력에 적어 두었다
• [ ] 전환할 때 받은 주식 수와 지금까지 판 주식, 증여한 주식을 합해 보았다
• [ ] 전환 당시 이월과세액이 얼마인지 서류로 갖고 있다
• [ ] 법인이 이월과세 받은 자산을 팔거나 헐 계획이 있는지 확인했다
• [ ] 회사를 넘기거나 인수할 때 이월과세액을 가격에 반영했다

세무법인대승이 도와드립니다

법인전환 뒤 주식을 팔거나 증여하기 전에 사후관리 기간과 처분 비율부터 계산해 보시는 게 좋습니다. 세무법인대승은 이월과세액을 다시 계산하고, 주식 처분 시점에 따라 양도세가 얼마나 나오는지 미리 알려 드려요. 신고와 납부까지 끝까지 함께 챙겨 드립니다.