[상속·증여 실무자 #49] 상속세 및 증여세법 39조, 실권주 재배정 한 줄에 증여세가 세 배가 된 이유
- 법인이 신주를 시가보다 싸게 발행했는데 기존 주주가 인수를 포기하면, 그 실권주를 어떻게 처리했느냐에 따라 증여세가 완전히 달라집니다.
- 실권주를 다른 사람에게 다시 배정하면 특수관계도 따지지 않고 기준금액도 없이 차액 전부가 증여입니다.
- 반대로 재배정하지 않고 그냥 실권처리하면 특수관계인에게만, 그것도 1주당 차이가 30% 이상이거나 이익이 3억원 이상일 때만 과세됩니다.

한 줄 답
법인이 신주를 시가보다 싸게 발행했는데 기존 주주가 인수를 포기하면, 그 실권주를 어떻게 처리했느냐에 따라 증여세가 완전히 달라집니다. 실권주를 다른 사람에게 다시 배정하면 특수관계도 따지지 않고 기준금액도 없이 차액 전부가 증여입니다. 반대로 재배정하지 않고 그냥 실권처리하면 특수관계인에게만, 그것도 1주당 차이가 30% 이상이거나 이익이 3억원 이상일 때만 과세됩니다. 같은 가격에 같은 사람이 실권해도 이사회 결의 한 줄로 세금이 세 배 넘게 갈립니다.

"실권주는 이사회에서 알아서 처리한 건데요"
가을 초입에 화성에서 자동차부품을 만드는 비상장법인의 대표 甲 사장이 세무조사 사전통지서를 들고 상담실에 왔습니다. 조사 대상은 2년 전 유상증자였고, 통지서에는 아들 乙 씨의 증여세가 적혀 있었습니다.
회사 사정은 이랬습니다. 증자 전 발행주식은 6만주, 세법 기준으로 평가한 1주당 가액은 4만원이라 회사 전체가 24억원이었습니다. 지분은 甲 사장이 3만 6천주로 60%, 회사에서 생산관리를 맡고 있는 아들 乙 씨가 1만 5천주로 25%, 창업 때부터 함께한 동업자 丙 씨가 9천주로 15%였습니다. 설비 증설 자금이 필요해 신주 6만주를 액면가인 1주당 1만원에 발행하기로 하고, 지분비율대로 배정했습니다.
문제는 甲 사장이 그때 개인 채무 정리에 돈이 묶여 자기 몫 3만 6천주를 인수하지 못한 것이었습니다. 회사는 자금이 급했으므로 이사회에서 甲 사장의 실권주 3만 6천주 가운데 2만주를 아들 乙 씨에게 다시 배정하기로 하고, 나머지 1만 6천주는 발행하지 않고 실권처리했습니다. 乙 씨는 자기 몫 1만 5천주와 재배정받은 2만주, 합해서 3만 5천주에 대한 주금 3억 5천만원을 실제로 냈습니다.
甲 사장의 말은 이랬습니다.
"아들이 돈을 안 낸 것도 아니고, 실권주는 이사회에서 회사 형편 보고 알아서 처리한 건데요. 제가 아들한테 뭘 준 게 아니잖습니까."
주금을 냈다는 것은 맞습니다. 다만 4만원짜리 주식을 1만원에 받았다면 그 차이는 어딘가에서 온 것이고, 그 출처가 인수를 포기한 아버지라는 것이 이 조문의 출발점입니다. 그리고 이 사건에서 실제로 문제가 된 것은 "재배정한 2만주"와 "실권처리한 1만 6천주"가 서로 다른 조문으로 계산된다는 점이었습니다.
법은 뭐라고 하나
상속세 및 증여세법 제39조 제1항 제1호는 신주를 시가보다 낮은 가액으로 발행한 경우를 네 갈래로 나눕니다.
가목은 주주가 신주인수권을 포기해서 생긴 실권주를 회사가 다른 사람에게 배정한 경우입니다. 실권주를 배정받은 사람이 얻은 이익이 증여재산가액이 됩니다. 여기서 실무자가 가장 먼저 확인해야 할 것은 신주인수를 포기한 주주와 실권주를 재배정받은 자 사이의 특수관계를 따지지 않는다는 점입니다(서면4팀-3770, 2006.11.14). 게다가 30% 비율기준이나 3억원 가액기준도 적용되지 않아, 차액이 생기면 금액이 얼마든 과세됩니다.
나목은 실권주를 배정하지 않고 실권처리한 경우입니다. 이때는 인수를 포기한 자의 특수관계인이 신주를 인수함으로써 얻은 이익만 과세하고, 증자 후 1주당 평가가액에서 인수가액을 뺀 금액이 증자 후 1주당 평가가액의 30% 이상이거나 1인별 증여재산가액 합계가 3억원 이상인 경우에만 적용합니다(상증령 29 ② 2호). 실권주를 재배정하지 않아도 인수한 사람은 지분율이 올라가 간접적으로 이익을 얻으므로, 그 간접이익을 특수관계와 이익의 정도를 따져 과세하는 구조입니다(상증집행 39-29-4).
다목·라목은 주주가 아닌 자가 신주를 직접 배정받거나, 주주가 균등조건을 초과해 직접 배정받은 경우로, 가목과 마찬가지로 특수관계와 기준금액을 따지지 않습니다.
계산식은 시행령 제29조 제2항에 있습니다. 가목·다목·라목은 (증자 후 1주당 평가가액 − 신주 1주당 인수가액) × 배정받은 실권주수(또는 초과배정 신주수) 로 단순합니다. 여기서 증자 후 1주당 평가가액은 증자 전 회사가치에 실제로 들어온 납입금을 더해 실제 증자 후 주식수로 나눈 값입니다.
나목은 식이 한 겹 더 있습니다.
증여재산가액 = (증자 후 1주당 평가가액 − 신주 1주당 인수가액) × 실권주 총수 × 증자 후 신주인수자의 지분비율 × (신주인수자의 특수관계인의 실권주수 ÷ 실권주 총수)
그리고 나목의 증자 후 1주당 평가가액은 실제 납입금이 아니라 증자 전 지분비율대로 균등하게 증자했다고 가정한 주식수를 기준으로 계산합니다. 실권처리로 발행되지 않은 주식까지 발행된 것으로 보고 이론적인 희석가치를 구한다는 뜻이라, 가목과 나목의 "증자 후 1주당 평가가액"이 같은 증자에서도 서로 다른 값이 나옵니다. 실무에서 가장 많이 틀리는 지점이 바로 여기입니다.
증자 전 1주당 평가가액은 시행령에 명시적 규정이 없지만, 법원은 증자 직전 시점을 기준으로 시행령 제54조부터 제56조까지에 따라 산정한 금액으로 보았고(대법원 2005두2063, 2007.1.25), 그 기준일은 주금납입일의 전날입니다(대법원 2007두7949, 2009.8.20). 증여일은 비상장법인이라면 주식대금 납입일이고, 상장·코스닥법인이 주주에게 신주를 배정하는 경우는 권리락이 있는 날, 전환주식은 전환한 날입니다(상증령 29 ①). 상장법인이라도 제3자 직접배정이면 권리락 조치가 없으므로 증여일은 납입일입니다(법령해석재산-0208, 2017.11.15).
청약을 하지 않았을 뿐 포기 의사표시를 한 적이 없다는 주장은 통하지 않습니다. 청약기일까지 청약하지 않거나 납입기일에 주금을 내지 않아 실권하는 것이 대부분이므로, 포기의 의사표시가 없었다는 이유로 이 규정의 적용을 피할 수 없다는 것이 확립된 판례입니다(대법원 2002두10100, 2003.3.14). 이 조문의 취지 자체가, 민법상 증여로 보기는 어렵지만 실질적으로는 실권한 사람이 인수한 사람에게 증여한 것과 다름없으므로 실질과세원칙을 관철하려는 데 있습니다(헌재 2001헌바13, 2002.1.31).

숫자로 보기
甲 사장 회사의 증자를 조문대로 갈라서 계산하겠습니다. 실제로 발행된 신주는 乙 씨의 균등분 1만 5천주, 丙 씨의 균등분 9천주, 乙 씨가 재배정받은 2만주를 합한 4만 4천주이고, 증자 후 발행주식총수는 10만 4천주입니다.
| 주주 | 증자 전 | 배정 | 인수 | 재배정 | 증자 후 | 증자 후 지분율 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 甲(부) | 36,000주 | 36,000주 | 실권 | − | 36,000주 | 34.6% |
| 乙(자) | 15,000주 | 15,000주 | 15,000주 | 20,000주 | 50,000주 | 48.1% |
| 丙(타인) | 9,000주 | 9,000주 | 9,000주 | − | 18,000주 | 17.3% |
| 합계 | 60,000주 | 60,000주 | 24,000주 | 20,000주 | 104,000주 | 100% |
① 재배정분 2만주: 가목
증자 후 1주당 평가가액은 실제 납입금을 반영합니다.
(4만원 × 6만주 + 1만원 × 4만 4천주) ÷ (6만주 + 4만 4천주) = 28억 4천만원 ÷ 10만 4천주 = 약 27,308원
乙 씨의 이익 = (27,308원 − 10,000원) × 2만주 = 약 3억 4,615만원. 실권한 사람이 아버지 한 명뿐이라 증여자별로 나눌 것도 없고, 가목은 기준금액이 없으므로 전액이 그대로 증여재산가액입니다.
② 실권처리분 1만 6천주: 나목
나목의 증자 후 1주당 평가가액은 균등증자를 가정합니다.
(4만원 × 6만주 + 1만원 × 6만주) ÷ (6만주 + 6만주) = 30억원 ÷ 12만주 = 25,000원
먼저 기준금액을 봅니다. (25,000원 − 10,000원) ÷ 25,000원 = 60% 로 30%를 넘으므로 3억원 기준은 볼 필요 없이 과세 대상입니다.
여기서 지분비율을 조심해야 합니다. 실권주 일부를 특수관계인에게 재배정하고 나머지를 배정하지 않은 경우, "증자 후 신주인수자의 지분비율"은 재배정받은 주식을 차감한 주식수로 계산합니다(재산세과-60, 2010.2.1). 재배정분의 이익은 이미 가목에서 따로 계산했기 때문입니다. 乙 씨는 5만주에서 재배정 2만주를 뺀 3만주가 기준입니다.
15,000원 × 1만 6천주 × (3만주 ÷ 10만 4천주) × (1만 6천주 ÷ 1만 6천주) = 약 6,923만원
③ 합계와 세액
| 구분 | 근거 | 증여재산가액 |
|---|---|---|
| 재배정 2만주 | 39조 ① 1호 가목 | 약 3억 4,615만원 |
| 실권처리 1만 6천주 | 39조 ① 1호 나목 | 약 6,923만원 |
| 합계 | 약 4억 1,538만원 |
乙 씨는 성년이고 최근 10년간 부모에게서 받은 다른 증여는 없다고 두고 끝까지 계산합니다.
| 단계 | 금액 |
|---|---|
| 증여재산가액 | 약 4억 1,538만원 |
| (−) 증여재산공제(직계존속) | 5,000만원 |
| 과세표준 | 약 3억 6,538만원 |
| 산출세액 (3억 6,538만원 × 20% − 1,000만원 = 약 6,308만원) | 약 6,308만원 |
| (−) 신고세액공제 3% | 약 189만원 |
| 납부할 증여세 | 약 6,118만원 |
계산이 맞는지는 주주별 재산 증감으로 검증됩니다. 증자 후 1주당 실제 가치 27,308원으로 다시 그려 보면 이렇습니다.
| 주주 | ① 증자 전 가치 | ② 납입액 | ③ 증자 후 가치 | 증감 ③−①−② |
|---|---|---|---|---|
| 甲(부) | 14억 4,000만원 | − | 약 9억 8,308만원 | ▼ 약 4억 5,692만원 |
| 乙(자) | 6억원 | 3억 5,000만원 | 약 13억 6,538만원 | ▲ 약 4억 1,538만원 |
| 丙(타인) | 3억 6,000만원 | 9,000만원 | 약 4억 9,154만원 | ▲ 약 4,154만원 |
| 계 | 24억원 | 4억 4,000만원 | 28억 4,000만원 | 0 |
乙 씨가 실제로 얻은 경제적 이익 약 4억 1,538만원이 가목과 나목으로 계산한 증여재산가액 합계와 정확히 일치합니다. 조문의 두 식이 합쳐져 경제적 실질을 그대로 잡아낸 것입니다. 丙 씨도 약 4,154만원의 이익을 얻었지만, 甲 사장과 특수관계가 없고 재배정을 받지도 않았으므로 나목으로는 과세되지 않습니다.

판례와 예규
첫 번째는 실권주를 재배정했느냐입니다. 같은 증자에서 이사회가 3만 6천주 전부를 실권처리했다면 어떻게 될까요. 나목만 적용되고, 乙 씨의 증자 후 지분은 3만주(기존 1만 5천주 + 인수 1만 5천주), 증자 후 총주식은 8만 4천주가 됩니다.
15,000원 × 3만 6천주 × (3만주 ÷ 8만 4천주) = 약 1억 9,286만원
과세표준은 약 1억 4,286만원이고 1억 4,286만원 × 20% − 1,000만원 = 약 1,857만원, 신고세액공제를 빼면 약 1,801만원입니다. 인수가액도, 실권한 사람도, 인수한 사람도 똑같은데 실권주 2만주를 재배정한 것만으로 세금이 1,801만원에서 6,118만원으로 세 배 넘게 뛴 것입니다. 이유는 두 가지입니다. 가목에는 30%·3억원 기준이 없어 차액 전부가 과세되고, 가목은 실제 납입금 기준이라 증자 후 1주당 가액이 27,308원으로 균등가정치 25,000원보다 높아 1주당 이익도 커집니다.
두 번째는 누가 받았느냐입니다. 만약 이사회가 실권주를 아들이 아니라 동업자 丙 씨에게 재배정했다면, 甲 사장과 丙 씨 사이에 특수관계가 없어도 가목이 그대로 적용돼 丙 씨에게 증여세가 나옵니다. 반대로 실권처리만 했다면 丙 씨는 특수관계가 없어 과세 대상이 아닙니다. "가족이 아니니 괜찮다"는 판단은 나목에서만 통합니다.
세 번째는 증여자가 여럿일 때의 계산 단위입니다. 신주인수권을 포기한 사람이 소액주주로서 2명 이상이면 1명이 증여한 것으로 보아 계산하고(상증법 39 ②, 헌재 2014헌바468, 2016.6.30), 여기서 소액주주는 발행주식총수의 1% 미만이면서 액면가액 합계가 3억원 미만인 주주입니다(상증령 29 ⑤). 반대로 포기한 사람이 소액주주가 아닌 경우로서 2인 이상이면 포기한 사람 1인별로 계산합니다(서면4팀-1495, 2008.6.23). 증여재산공제는 적용하되, 증여자를 1인으로 보아 계산하는 경우에는 적용하지 않습니다(상속증여-0594, 2021.1.29).
네 번째는 명의신탁이 섞인 경우입니다. 차명주주가 실권한 사건에서 법원은 실질적으로 신주인수권을 포기한 사람은 명의수탁자가 아니라 명의신탁자이므로, 특수관계 여부는 실질 소유자를 기준으로 판단해야 한다고 보았습니다(대법원 93누3974, 1993.11.23). 여기에 유상증자로 받은 신주를 다시 타인 명의로 명의개서하면 그 자체가 새로운 명의신탁이 되어 제45조의2에 따른 증여의제가 별도로 붙습니다(서면4팀-1976, 2007.6.25). 불균등증자 증여세와 명의신탁 증여세가 동시에 과세되는 구조라 세액이 급격히 커집니다.
다섯 번째는 되돌릴 수 있느냐입니다. 일시 차입금으로 주금납입의 외형만 갖춘 가장납입이라도 현실의 불입이 있는 것이므로 증여세 과세에 영향이 없고, 나중에 감자를 하거나 신주발행부존재확인 판결을 받아도 마찬가지입니다(대법원 99두8039, 2001.3.27). 담합으로 주주총회결의 부존재확인 판결을 받은 경우도 과세처분에 영향을 주지 못합니다(대법원 2006두10672, 2006.12.7).

놓치면 손해 보는 것
| 무엇 | 기준·기한 | 실제로 사고가 나는 대목 |
|---|---|---|
| 증여일과 신고기한 | 비상장은 주금납입일, 그 달 말일부터 3개월 | 등기일·이사회결의일로 계산 |
| 증자 전 평가 기준일 | 주금납입일의 전날 | 결산기말 평가액을 그대로 사용 |
| 계산식 선택 | 가목은 실제 납입 기준, 나목은 균등증자 가정 | 하나의 증자에 한 가지 식만 적용 |
| 연대납세의무 | 제39조는 증여자 연대납세의무 없음(상증법 4의2 ⑥) | 회사나 부모가 대신 납부 |
특히 마지막 줄이 실무에서 위험합니다. 증여세는 원칙적으로 증여자에게 연대납세의무가 있지만 제39조는 예외라서, 자녀가 낼 돈이 없다고 부모가 대신 내 주면 그 대납액이 다시 증여가 됩니다. 조사 단계에서 자주 걸리는 지점입니다.
구제 수단도 하나 있습니다. 당초 발행가액에 잘못이 있어 신주를 시가보다 낮게 발행한 사실을 발견한 경우, 신주를 인수한 주주가 증여세 신고기한 이내에 주금을 추가로 납입하면 당초 발행가액에 추가 납입액을 더한 금액을 신주발행가액으로 보아 제39조를 적용합니다(재산세과-282, 2010.5.7). 평가를 뒤늦게 했더라도 신고기한 안이라면 되돌릴 여지가 있다는 뜻입니다.
아예 적용되지 않는 경우도 정리해 둘 만합니다. 주식매수선택권 행사로 신주를 발행하는 경우(서면4팀-55, 2008.1.9), 신주인수권증서를 증권사를 통해 불특정다수인에게 양도한 경우(서일 46014-11164, 2002.9.6), 우리사주조합원이 소액주주 기준을 충족해 조합을 통해 취득한 경우(상증법 46조 2호)에는 제39조를 적용하지 않습니다. 무상증자와 주식배당처럼 지분비율대로 발행되는 특수한 신주발행도 마찬가지입니다. 이익을 얻은 자가 영리법인이면 그 법인이 낼 증여세는 면제됩니다(서면4팀-1971, 2006.6.26).
증자 전·후의 1주당 가액이 모두 0 이하이면 이익이 없는 것으로 보고, 이 계산에는 최대주주 등의 할증평가를 적용하지 않습니다(상증령 53 ⑦ 3호).
미리 갖춰 둘 자료는 증자 전 기준일의 주식평가서, 신주 배정 근거 정관 조항과 이사회·주주총회 의사록, 실권주 처리 방법을 적은 이사회 결의서, 신주인수권 포기서, 주금납입증명서, 증자 전후 주주명부입니다. 이 중 이사회 결의서는 가목과 나목을 가르는 사실상 유일한 증거이므로 반드시 원본으로 남겨야 합니다.
그래서 그분은
甲 사장에게는 이미 2년 전에 납입이 끝나 되돌릴 수단이 없다는 것부터 말씀드렸습니다. 조사 과정에서 다툴 여지가 있는지 확인한 결과, 회사가 산정한 증자 전 1주당 가액을 결산기말 기준으로 계산해 두었던 것이 발견됐습니다. 주금납입일 전날을 기준으로 다시 평가하면 순손익가치 산정 기간이 달라져 1주당 가액이 소폭 내려갔고, 그만큼 증여재산가액이 줄어 수정 계산 근거로 제출했습니다.
이익을 얻은 사람이 아들 한 명이라 증여자를 나눌 문제는 없었고, 丙 씨는 특수관계가 없어 나목 과세에서 빠졌습니다. 다만 甲 사장이 "아들 세금은 회사에서 내 주면 안 되겠느냐"고 물었을 때는 분명히 막았습니다. 제39조는 증여자에게 연대납세의무가 없으므로 회사나 아버지가 대납하면 그 금액이 또 하나의 증여가 되고, 조사 중인 건에서 그런 흐름이 잡히면 가산세까지 따라옵니다. 결국 乙 씨가 보유 주식을 담보로 연부연납을 신청하는 쪽으로 정리했습니다.
甲 사장이 마지막에 물은 것은 "그럼 처음부터 어떻게 했어야 했느냐"였습니다. 답은 셋입니다. 인수가액을 세법상 시가인 4만원으로 정했다면 증자 후 1주당 가액도 4만원이라 이익 자체가 생기지 않았습니다. 자금이 부족해 액면가로 가야 했다면, 실권주를 재배정하지 않고 전부 실권처리하는 것만으로 세금이 6,118만원에서 1,801만원으로 내려갔습니다. 아버지가 자기 몫을 그대로 인수하고 대신 지분을 정식으로 증여했다면 계산은 훨씬 단순했을 것입니다.
처음 질문으로 돌아가면 답은 이렇습니다. 이사회가 회사 형편을 보고 실권주를 처리한 것은 맞지만, 세법은 그 결의 한 줄을 증여 여부와 금액을 정하는 사실관계로 읽습니다. 증자에서 실권이 생기는 순간, 실권주를 어떻게 할지는 자금 문제가 아니라 세금 문제입니다.
한 장 정리
| 묻는 것 | 답 |
|---|---|
| 실권주를 재배정하면 | 특수관계 불문, 기준금액 없이 차액 전부 과세 (39조 ① 1호 가목) |
| 실권처리하면 | 특수관계인만, 30% 또는 3억원 기준을 넘을 때만 과세 (나목) |
| 두 식의 차이는 | 가목은 실제 납입금 기준, 나목은 균등증자 가정 기준으로 증자 후 1주당 가액을 계산 |
| 일부만 재배정했다면 | 재배정분은 가목, 나머지는 나목. 나목 지분비율에서 재배정분은 차감 (재산세과-60, 2010.2.1) |
| 증여일은 | 비상장은 주금납입일, 상장 주주배정은 권리락일, 전환주식은 전환일 |
| 증자 전 평가 기준일은 | 주금납입일의 전날 (대법원 2007두7949) |
| 부모가 세금을 대신 내면 | 제39조는 연대납세의무가 없어 대납액이 또 다른 증여 |
| 신고기한 안에 고칠 수 있나 | 발행가액 오류는 신고기한 내 주금 추가납입으로 정정 가능 (재산세과-282, 2010.5.7) |
| 적용되지 않는 경우 | 무상증자·주식배당, 주식매수선택권 행사, 우리사주조합 소액주주 취득 등 |