[세금, 다시 따져 봤습니다 #6] 같은 부가세를 두 번 조사받았을 때 재조사 금지 확인법
- 같은 세목, 같은 과세기간을 다시 조사하는 것(재조사)은 법에 적힌 예외가 없으면 금지됩니다. 이를 어긴 조사로 매긴 세금은 위법하다고 다툴 수 있습니다.
- 세무조사는 원칙적으로 시작 20일 전에 미리 알려야 합니다. 다만 통지가 늦었다는 사정만으로 세금이 곧바로 취소되지는 않을 수 있습니다.
- 절차 문제와 세액 내용 문제를 함께 준비해야 승산을 제대로 가늠할 수 있습니다.
이런 통지서, 받아 보셨나요
경기도 화성에서 작은 금형 공장을 하는 오 사장님은 작년 봄에 2023년 귀속 부가가치세 조사를 받고 마무리했습니다. 그런데 올해 9월 25일, 세무서에서 같은 2023년 부가가치세를 다시 보겠다는 통지가 왔고 조사 시작일은 10월 5일이었어요. 이름은 '현장확인'이었지만 담당자는 장부와 통장 사본을 내 달라고 했고, 얼마 뒤 추가 세액이 적힌 조사 결과통지가 도착했습니다. 오 사장님은 "한 번 끝난 걸 또 봐도 되는 건가요?" 하고 물어 오셨습니다.

먼저 결론부터
- 같은 세목, 같은 과세기간을 다시 조사하는 것(재조사)은 법에 적힌 예외가 없으면 금지됩니다. 이를 어긴 조사로 매긴 세금은 위법하다고 다툴 수 있습니다.
- 세무조사는 원칙적으로 시작 20일 전에 미리 알려야 합니다. 다만 통지가 늦었다는 사정만으로 세금이 곧바로 취소되지는 않을 수 있습니다.
- 절차 문제와 세액 내용 문제를 함께 준비해야 승산을 제대로 가늠할 수 있습니다.
하나씩 따져 보기
재조사로 보는 경우
재조사 금지는 세목과 과세기간이 둘 다 같을 때 적용됩니다. 처음엔 부가가치세, 이번엔 종합소득세처럼 세목이 다르면 기간이 겹쳐도 중복조사로 보기 어렵거든요.
처음 조사에서 일부 항목만 봤더라도, 같은 세목과 기간을 다시 보면 원칙적으로 재조사에 해당합니다. 이름이 '현장확인'이어도 질문에 답하고 장부를 내야 하는 수준이었다면 세무조사로 볼 여지가 큽니다. 반대로 사실 하나를 확인하는 간단한 문의 정도는 조사로 보지 않을 수 있어요.

예외 사유는 좁게 해석합니다
법은 재조사를 허용하는 예외를 일곱 가지 둡니다. 탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방 조사가 필요한 경우, 2개 이상 과세기간에 걸친 잘못, 불복 절차에서 나온 재조사 결정, 금품 제공, 부분조사 뒤 나머지 부분 조사 등입니다.
가장 많이 다투는 것은 '명백한 자료'입니다. 객관적이고 합리적인 자료로 탈루 가능성이 상당히 높아야 하고, 세무서 내부 검토 보고서나 출처를 확인할 수 없는 제보만으로는 부족하다고 봐 왔습니다. 그 자료는 재조사를 시작하기 전에 이미 있어야 하고, 재조사 도중에 얻은 자료는 근거가 되지 못합니다.
'2개 이상 과세기간의 잘못'은 하나의 원인 때문에 여러 해에 걸쳐 오류가 생긴 경우를 말합니다. 해마다 비슷한 실수를 따로 반복한 것만으로는 여기에 들어가지 않아요.

사전통지와 조사 중 절차
세무서는 조사 시작 20일 전까지 조사 세목, 조사 기간, 조사 사유를 알려야 합니다. 불복 절차의 재조사 결정에 따른 조사라면 7일 전입니다. 오 사장님 조사가 10월 5일에 시작했다면 늦어도 9월 15일에는 통지가 왔어야 하죠. 증거인멸 우려가 있으면 미리 알리지 않을 수 있지만, 이때도 조사를 시작하면서 미리 알리지 않은 사유를 적은 통지서를 줘야 합니다.
통지가 늦었거나 기간 연장을 문서로 알리지 않은 정도로는 세금 취소까지 이어지지 않은 사례가 있습니다. 반면 문서 통지 없이 조사 범위를 다른 기간이나 세목으로 넓혔을 때 처분을 위법하다고 본 사례도 있어요. 하자가 얼마나 무거운지 사안별로 따져 봐야 합니다.

어디서 다투나요
조사 결과통지를 받았다면 과세전적부심사(세금을 매기기 전에 그 과세가 맞는지 다시 봐 달라는 신청)에서 재조사 문제를 먼저 꺼낼 수 있습니다. 고지서가 나온 뒤라면 이의신청, 심사청구, 심판청구로 다툽니다. 여기까지는 세무사가 대리할 수 있고, 행정소송으로 넘어가면 변호사가 맡습니다.

기한과 순서 한눈에 보기
| 단계 | 기한·한도 | 누가 누구에게 | 비고 |
|---|---|---|---|
| 사전통지 | 조사 시작 20일 전 (불복 재조사 결정에 따른 조사는 7일 전) | 세무서 → 납세자(또는 납세관리인) | 증거인멸 우려가 있으면 생략 가능, 조사 시작 때 통지서 교부 |
| 조사 연기신청 | 조사 시작 전 | 납세자 → 관할 세무관서장 | 천재지변, 사업의 큰 손실이나 부도 우려 등 |
| 연기 승인 여부 통지 | 조사 개시 전까지 | 세무관서장 → 납세자 | 연기를 받아들였다면 연기 기간도 함께 통지 |
| 연기 사유가 사라져 조사를 앞당길 때 | 개시 5일 전까지 통지 | 세무관서장 → 납세자 | 사유가 사라진 사실과 조사기간을 알림 |
| 조사기간 | 20일 이내 | 연 수입금액·양도가액 100억원 미만 납세자 | 가공거래, 차명계좌 등 일부 혐의는 기간 제한이 없음 |
| 조사기간 연장 | 1회마다 20일 이내 | 처음은 관할 세무관서장, 두 번째부터는 상급관서장 승인 | 사유와 기간을 문서로 통지 |
| 조사 범위 확대 | 법이 정한 사유가 있을 때만 | 세무서 → 납세자 | 사유와 범위를 문서로 통지 |

놓치기 쉬운 함정
- '현장확인'이나 '사실확인'이라는 이름만 보고 조사가 아니라고 넘기는 경우. 언제 무엇을 요구받았는지 날짜별로 적어 두세요.
- 예전 조사의 사전통지서와 결과통지서를 버린 경우. 재조사라는 걸 보이려면 첫 조사의 세목과 기간이 적힌 서류가 필요합니다.
- 절차 하자만 믿고 세액 내용에 대한 반박을 준비하지 않는 경우. 절차 쟁점이 받아들여지지 않으면 내용으로 다퉈야 합니다.
- 결과통지서나 고지서에 적힌 불복 기한을 넘기는 경우. 기한이 지나면 좋은 쟁점이 있어도 다투기 어려워집니다.
근거 조문
- 국세기본법 제81조의4(세무조사권 남용 금지): 같은 세목·과세기간 재조사 금지와 일곱 가지 예외
- 국세기본법 제81조의7(세무조사의 통지와 연기신청 등): 20일 전 사전통지, 연기신청, 조사를 앞당길 때의 통지
- 국세기본법 제81조의8(세무조사 기간): 수입 100억원 미만은 20일 이내, 연장·중지는 문서로 통지
- 국세기본법 제81조의9(세무조사 범위 확대의 제한): 범위 확대 사유 제한과 문서 통지
오늘의 점검표
- [ ] 이번 조사의 세목과 과세기간이 예전 조사와 겹치는지 확인했다
- [ ] 예전 조사의 사전통지서와 결과통지서를 찾아 두었다
- [ ] 사전통지를 받은 날부터 조사 시작일까지 20일이 되는지 세어 봤다
- [ ] 조사 중 범위 확대나 기간 연장을 문서로 통지받았는지 확인했다
- [ ] 결과통지서나 고지서의 불복 기한을 달력에 적어 두었다
세무법인대승이 도와드립니다
과세예고통지나 고지서를 받으셨다면, 세무법인대승이 재조사·사전통지 같은 절차 문제와 세액 내용을 함께 보고 불복할 만한 사건인지 솔직하게 말씀드립니다. 과세전적부심사, 이의신청, 심판청구 대리는 물론, 경정청구(이미 낸 세금이 많았으니 고쳐 달라고 하는 신청)로 돌려받을 세금이 있는지도 찾아 드립니다. 기한이 짧으니 통지서를 받으시면 바로 연락 주세요.