[세금, 다시 따져 봤습니다 #32] 폐업한 해에도 중소기업특별세액감면, 심판청구로 종합소득세 취소

이런 처분을 받았습니다

A씨는 건설업과 주택신축판매업을 하는 개인사업자입니다. 서울의 한 사업장을 2017년 9월 1일에 열었고, 2018년 4월 그 자리에 지하 1층, 지상 5층 건물을 새로 지었습니다. 2020년 10월 13일에 이 사업장을 폐업했고, 다음 날인 10월 14일 건물이 다른 사람에게 넘어갔어요(등기 기준). A씨에게는 이 사업장 말고도 사업장이 3곳 더 있었습니다.

A씨는 2020년 귀속 종합소득세를 신고하면서 네 사업장 소득 모두에 중소기업특별세액감면을 적용했습니다. 중소기업특별세액감면(정해진 업종을 하는 중소기업의 소득세나 법인세를 일정 비율 깎아 주는 제도)은 조세특례제한법 제7조에 있는 제도입니다.

그런데 2023년 10월부터 11월까지 지방국세청이 관할 세무서를 감사하면서 이 신고를 문제 삼았습니다. 폐업한 사업장은 그해 마지막 날 현재 사업을 하고 있지 않았으니 감면을 받을 수 없다는 지적이었어요. 세무서는 그 사업장 몫의 감면을 빼고, 2024년 12월 9일 가산세를 더해 종합소득세를 다시 고지했습니다. A씨는 2025년 3월 이의신청을 거쳐 7월에 심판청구를 냈습니다.

세무서는 이렇게 봤습니다

이 감면은 경쟁력이 약한 중소기업이 재무구조를 개선하고 설비에 투자하도록 돕는 제도라는 게 세무서 생각이었습니다. 그러려면 적어도 과세연도가 끝나는 날까지는 사업을 하고 있어야 한다고 봤어요. 대법원도 과세연도 중간에 폐업한 사람에게는 감면을 주지 않는다고 여러 번 판결했다며 판결들을 근거로 들었습니다. 감면은 사업장마다 따로 따지는 것이어서, 다른 사업장에서 같은 업종을 계속한다고 해도 폐업한 사업장까지 감면할 수는 없다고도 했습니다.

청구인은 이렇게 맞섰습니다

1. 법, 시행령, 시행규칙 어디에도 과세연도 중에 폐업하면 감면을 못 받는다는 규정이 없습니다. 세법은 쓰인 대로 해석해야 하고 넓혀서 읽으면 안 된다고 주장했습니다.
2. 폐업한 사업장 외 다른 사업장에서 같은 업종을 계속하고 있으니 감면 취지에도 맞는다고 했습니다. 초과인출금(사장님이 사업에서 가져간 돈이 넣은 돈보다 많은 부분)의 이자도 사업장 단위로 따지지 않고 사람 단위로 본 판결과 유권해석이 있으니, 감면도 사람 단위로 보자고 했어요.
3. 주택신축판매업은 분양이 끝나면 폐업하는 게 자연스럽습니다. 폐업한 해에 감면을 빼면 양도 시기를 연말 이후로 늦추는 사람만 감면을 받게 되니 공평하지 않다고 주장했습니다.

조세심판원의 판단

먼저 짚고 갈 점이 있습니다. 이 사업장이 감면 업종 요건과 소기업 요건을 갖췄다는 데에는 양쪽 모두 이견이 없었어요. 다툼은 폐업 하나뿐이었습니다.

법에 폐업한 해를 빼라는 규정이 없습니다

심판원은 조세특례제한법 제7조가 감면 업종을 경영할 것만 요건으로 두고 있고, 중간에 폐업하면 감면하지 않는다는 문구는 없다고 봤습니다. 오히려 중소기업기본법과 조세특례제한법에는 회사가 커져서 중소기업 기준을 넘어도 몇 년 동안은 중소기업으로 봐 주는 유예 규정이 있습니다. 사업연도 말에 폐업한 중소법인도 결손금 소급공제(올해 손실만큼 작년에 낸 세금을 돌려받는 제도)를 받을 수 있다는 예규도 있었고요. 그래서 폐업한 해에도 "명시적인 배제 규정이 없는 이상 적용하는 것이 타당"하다고 판단했습니다.

감면세액 사용처를 따지던 제도는 2002년에 없어졌습니다

예전에는 감면받은 세액만큼을 차입금 상환이나 사업용 자산 투자에 써야 했고, 쓰지 않으면 추징했습니다. 이 사후관리 제도는 기업의 자금 운용을 너무 묶는다는 이유로 2002년 12월 11일에 폐지됐어요. 심판원은 폐업해서 감면세액을 재무구조 개선에 쓸 수 없다는 이유로 감면을 빼기는 어렵다고 봤습니다. 국세청 예규도 제도가 폐지된 뒤로는 폐업한 해의 감면을 인정하는 쪽으로 바뀌어 있었습니다.

결론: 부과처분 전부 취소

심판원은 과세연도 중에 폐업했다는 이유만으로 감면을 뺀 처분은 잘못이라며 2020년 귀속 종합소득세 부과처분을 취소했습니다. 가산세를 포함한 고지 세액이 모두 없어진 거예요.

다만 사람 단위로 감면을 보자는 A씨 주장을 받아들여서 이긴 건 아닙니다. 그리고 세무서는 반대 취지의 서울행정법원, 서울고등법원 판결도 냈습니다. 법원 판단은 이 결정과 다를 수 있다는 점을 알아 두세요. 이 글은 결정 당시 법 기준으로 썼습니다.

우리 사업장에 적용하면

이 사건은 업종과 규모 요건이 모두 확실했고, 걸린 것이 폐업 시점 하나뿐이었습니다. 반대로 업종 분류가 애매하거나 매출이 소기업 기준을 넘는 경우라면 이 결정을 근거로 삼기 어렵습니다. 처분 사유가 정확히 무엇인지부터 확인해 보세요.

신고는 2020년 귀속인데 고지는 2024년 말에 나왔습니다. 몇 년 뒤 감사에서 문제가 될 수 있으니 폐업했다고 서류를 버리지 마세요.

비슷한 처분을 받았다면

고지서가 나오기 전에 과세예고통지나 세무조사 결과통지를 받았다면, 통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사(세금을 매기기 전에 그 내용이 맞는지 심사해 달라는 청구)를 낼 수 있습니다. 현행법에서는 이 사건처럼 지방국세청이 세무서를 감사한 결과로 과세하는 경우에도 과세예고통지를 먼저 해야 합니다. 이미 고지서를 받았다면 받은 날부터 90일 이내에 심판청구를 할 수 있어요. 이의신청을 먼저 거쳤다면 이의신청 결정 통지를 받은 날부터 90일 이내입니다. 세무사는 과세전적부심사부터 이의신청, 심사청구, 심판청구까지 대리할 수 있고, 그다음 행정소송은 변호사가 맡습니다.

근거 조문

• 조세특례제한법 제7조(중소기업에 대한 특별세액감면): 감면 업종을 경영하는 중소기업 사업장 소득의 세금을 일정 비율 감면
• 중소기업기본법 제2조(중소기업자의 범위): 규모가 커져 중소기업 기준을 넘어도 다음 연도부터 5년간 중소기업으로 봄
• 국세기본법 제68조(청구기간): 심판청구는 처분 통지를 받은 날부터 90일 이내
• 국세기본법 제81조의15(과세전적부심사): 과세예고통지 등을 받은 날부터 30일 이내 청구

원출처

• 조세심판원 조심 2025서2928: 과세연도 중 사업장을 폐업했다는 이유만으로 중소기업특별세액감면을 배제한 종합소득세 부과처분을 취소(인용)

오늘의 점검표

• [ ] 고지서나 통지서에 적힌 감면 부인 사유가 폐업 하나뿐인지 확인했다
• [ ] 우리 업종이 감면 업종이고 매출이 소기업 기준 안에 드는지 확인했다
• [ ] 폐업신고 접수증과 실제 사업을 그만둔 날을 알 수 있는 자료를 보관하고 있다
• [ ] 세액감면신청서와 사업장별 소득 계산 자료를 보관하고 있다
• [ ] 통지서를 받은 날을 적어 두고 30일, 90일 기한을 달력에 표시했다

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