[개인사업자 5월 노트 #6] 법인전환 때 양도세, 이월과세로 미룰 수 있을까요?
- 사업용 고정자산(사업에 쓰는 토지·건물·기계 같은 자산)을 현물출자하거나 정해진 방식으로 사업을 통째로 넘기면 양도소득세 이월과세를 신청할 수 있어요.
- 새 법인의 자본금은 전환하는 사업장의 순자산가액 이상이어야 하고, 신청서는 기한 안에 내야 해요.
- 법인 설립등기일부터 5년 안에 사업을 폐지하거나 받은 주식의 100분의 50 이상을 처분하면 미뤄 둔 세금을 내야 해요.
이런 고민, 하고 계신가요
경기 화성에서 금속가공 공장을 운영하는 윤재석 대표(가상)는 올해 5월 종합소득세를 내고 나서 법인전환을 진지하게 고민하게 됐어요. 문제는 공장 토지와 건물이 모두 윤 대표 개인 명의라는 점이에요. 법인으로 넘기면 개인이 공장을 판 것으로 보고 양도소득세가 나온다는 말을 듣고 망설이고 있거든요. 세금을 지금 다 내지 않고 넘어갈 방법은 없을까요?

먼저 결론부터
- 사업용 고정자산(사업에 쓰는 토지·건물·기계 같은 자산)을 현물출자하거나 정해진 방식으로 사업을 통째로 넘기면 양도소득세 이월과세를 신청할 수 있어요.
- 새 법인의 자본금은 전환하는 사업장의 순자산가액 이상이어야 하고, 신청서는 기한 안에 내야 해요.
- 법인 설립등기일부터 5년 안에 사업을 폐지하거나 받은 주식의 100분의 50 이상을 처분하면 미뤄 둔 세금을 내야 해요.
하나씩 따져 보기
이월과세가 뭔가요
이월과세는 개인이 자산을 법인에 넘길 때 내야 할 양도소득세를 지금 내지 않고, 나중에 법인이 그 자산을 팔 때 내도록 미뤄 주는 제도예요. 세금이 없어지는 건 아니고 내는 시점이 뒤로 가는 거죠. 법인 초기에 현금 부담을 덜 수 있다는 점이 가장 큰 장점이에요.
다만 대상에서 빠지는 게 있어요. 주택이나 주택을 취득할 수 있는 권리는 제외돼요. 소비성서비스업(관광숙박업이 아닌 호텔·여관업, 유흥주점·단란주점 같은 일부 주점업 등)을 하는 법인으로 전환하는 경우에도 적용되지 않아요.
넘기는 방법은 두 가지예요
하나는 현물출자예요. 돈 대신 공장 같은 자산을 내고 법인 주식을 받는 방식이에요. 다른 하나는 사업양도양수인데, 조건이 까다로워요. 사업하던 사람이 발기인이 되어 순자산가액 이상을 출자해 법인을 세우고, 법인설립일부터 3개월 이내에 사업에 관한 모든 권리와 의무를 통째로 넘겨야 하거든요.

자본금과 신청 기한
새 법인의 자본금은 전환하는 사업장의 순자산가액(사업 자산에서 부채를 뺀 금액, 시행령이 정한 방식으로 계산) 이상이어야 해요. 신청은 현물출자나 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 양도소득세 신고(예정신고 포함) 때 새 법인과 함께 이월과세적용신청서를 관할 세무서에 내는 방식이에요. 이 신청을 놓치면 혜택을 받기 어려우니 일정부터 잡아 두세요.

부동산이 없다면, 그리고 영업권은
이월과세는 사업용 고정자산에 적용돼요. 그래서 매장을 임차해 쓰는 도소매업이나 서비스업처럼 부동산이 없는 사업자는 이 제도로 덕 볼 자산이 많지 않아요. 영업권(거래처·노하우 같은 보이지 않는 가치)을 법인에 넘길 때는 객관적인 근거로 평가해야 해요. 근거 없이 부풀리거나 낮추면 나중에 문제가 될 수 있고, 그 대가를 세무상 어떻게 처리할지도 함께 확인해야 해요. 취득세는 이 글이 근거로 삼은 조문에 없는 내용이라 지방세 감면 요건을 따로 확인하셔야 해요.
숫자로 보기
윤 대표가 가상으로 2027년 3월 2일 법인 설립등기를 했다고 해 볼게요. 아래 계산은 비율과 기한만 따진 것이라 세액이나 지방소득세는 넣지 않았어요.
| 시점 | 할 일 | 근거 |
|---|---|---|
| 법인설립일부터 3개월 이내 | (사업양수도 방식이라면) 사업 전체를 포괄적으로 넘기기 | 시행령 제29조 ② |
| 현물출자·양수도한 해의 양도세 신고 때 | 법인과 함께 이월과세적용신청서 제출 | 시행령 제29조 ④ |
| 설립등기일부터 5년(2032년 3월 초까지) | 사업 유지, 주식 보유 | 법 제32조 ⑤ |
| 사유가 생긴 달의 말일부터 2개월 이내 | 이월과세액을 양도소득세로 납부 | 법 제32조 ⑤ |
윤 대표가 법인전환으로 받은 주식이 10,000주라면 이렇게 돼요.
| 상황 | 처분 비율 | 추징 여부 |
|---|---|---|
| 4,000주 처분 | 40% | 100분의 50 미만이라 해당 없음 |
| 5,000주 처분 | 50% | 100분의 50 이상이라 추징 |
| 2029년 8월 14일에 5,000주 처분 | 50% | 8월 31일부터 2개월 이내, 2029년 10월 31일까지 납부 |
여러 번 나눠 처분하는 경우에는 어떻게 합쳐서 보는지 미리 확인해 두세요.

놓치기 쉬운 함정
- 법인이 넘겨받은 사업용 고정자산의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 쓰지 않으면 사업 폐지로 봐요. 공장 일부를 팔 계획이 있다면 5년 안인지 먼저 보세요.
- 주식 처분에는 유상이전뿐 아니라 무상이전(증여 등)과 감자도 들어가요. 가족에게 주식을 나눠 주는 것도 처분이 될 수 있어요. 다만 가업승계 증여세 과세특례를 받는 경우 등은 예외예요.
- 주택은 이월과세 대상이 아니에요. 사업장 안에 살림집이 섞여 있다면 따로 정리해야 해요.
- 전환 전에 장부를 정리한다며 가공 경비(실제 쓰지 않은 비용)나 가공 인건비를 넣거나 수입을 빠뜨리면 순자산가액 계산 자체가 틀어져요. 세무조사에서 바로 문제가 되는 행동이니 절대 하지 마세요.

근거 조문
- 조세특례제한법 제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세): 대상 자산·자본금 요건·신청 의무와 5년 사후관리를 정함
- 조세특례제한법 시행령 제29조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세): 사업양수도 방식, 소비성서비스업 범위, 신청 시기, 순자산가액, 처분과 사업폐지의 판단 기준과 예외를 정함
오늘의 점검표
- [ ] 법인에 넘길 자산 중 사업용 고정자산과 주택을 나눠 적어 보기
- [ ] 우리 업종이 소비성서비스업에 해당하지 않는지 확인하기
- [ ] 사업장 순자산가액을 대략 계산하고 자본금 계획 세우기
- [ ] 현물출자와 사업양수도 중 어떤 방식으로 할지, 신청서 제출 시기 정하기
- [ ] 5년 안에 자산 매각이나 주식 이전 계획이 있는지 점검하기
- [ ] 취득세 감면은 지방세 요건을 따로 확인하기
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